前身可追溯至清朝末年官督商办的招商局，至今有150年历史。
新中国成立后，通过没收官僚资本于1950年组建了长江区航运局，始称“长航”。
1984年长江航运体制改革，实行政企分开港航分管，成立了交通部长江轮船总公司。
1992年12月经国务院批准以长江轮船总公司为核心成员组建了中国长江航运集团，成为我国首批57家试点企业集团之一。
1996年核心企业更名为中国长江航运（集团）总公司，并于1997年在国家实行计划单列。
1999年1月与交通部脱钩归口中央企工委管理，
2003年开始作为国务院国资委履行出资人的企业。
2009年1月与中国对外贸易运输(集团)总公司实施战略重组成中国外运长航集团有限公司。
2017年12月中国长江航运集团有限公司调整为招商局集团二级公司。